Die 63 Schülerinnen und Schüler der Sekundarstufe I (Oberstufe) werden im Schuljahr 2010/11 in vier Abteilungen von 14 Lehrpersonen unterrichtet. Im kooperativ-integrativen Modell der Oberstufe Neuheim werden die Lernenden im Übertrittsverfahren der 5./6. Primarklasse einer Schulart (Real- oder Sekundarschule) zugeteilt, aber in schulartenübergreifenden Klassen unterrichtet.

In den Fächern Mathematik, Deutsch, Französisch und Englisch besuchen die SchülerInnen den Unterricht in Niveaugruppen (A = Sekundarschulniveau, B = Realschulniveau). In den übrigen Fächern arbeiten sie im Klassenverband mit differenzierten Anforderungen. Lernende der Werkschule (Niveau C) sind in den Klassen und Niveaugruppen integriert. Sie und weitere Lernende mit besonderem Förderbedarf werden von einer Heilpädagogin unterstützt und gefördert. Ein Schulartenwechsel ist bei entsprechenden Leistungen in der Regel am Ende eines Schuljahres, ein Niveauwechsel semesterweise möglich. So ist eine hohe Durchlässigkeit gewährleistet.